生物顯微鏡是供醫(yī)療衛(wèi)生單位、高等院校、研究所用于微生物、細(xì)胞、細(xì)菌、組織培養(yǎng)、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續(xù)觀察細(xì)胞、細(xì)菌等在培養(yǎng)液中繁殖分裂的過程等。在細(xì)胞學(xué)、寄生蟲學(xué)、腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、遺傳工程學(xué)、工業(yè)微生物學(xué)、植物學(xué)等領(lǐng)域中應(yīng)用廣泛。在環(huán)境監(jiān)測領(lǐng)域主要由以下幾種重要應(yīng)用。
細(xì)菌、霉菌檢測
    細(xì)菌檢測如水中總大腸菌群檢測是環(huán)境監(jiān)測中的常規(guī)檢測項(xiàng)目。其復(fù)發(fā)酵后有一個(gè)革蘭氏染色鏡檢過程，這個(gè)相信大多數(shù)人都比較了解了，這里不再贅述。此外，利用生物顯微鏡做一些細(xì)菌或真菌的形態(tài)學(xué)鑒定在環(huán)境監(jiān)測領(lǐng)域內(nèi)也偶有出現(xiàn)（這類應(yīng)用主要存在于衛(wèi)生部門）。

生物群落檢測
   1）浮游植物
    浮游植物，具有色素或色素體能吸收光能和二氧化碳進(jìn)行光合作用制造有機(jī)物，營浮游生活的微小藻類的總稱，是水域的初級生產(chǎn)者。隨著太湖藍(lán)藻的大規(guī)模報(bào)道，環(huán)境監(jiān)測領(lǐng)域掀起了一陣對水華的研究熱潮。而無論是生態(tài)調(diào)查抑或是抑藻方法的研究工作，都離不開對浮游植物的定性定量分析。鏡檢是浮游植物檢測中zui為傳統(tǒng)也是目前公認(rèn)性zui高的檢測方法（也有用分子生物學(xué)方法做的），也是環(huán)境監(jiān)測部門中檢測藻類的zui主要技術(shù)手段。其檢測主要是依靠技術(shù)人員的經(jīng)驗(yàn)，需要技術(shù)人員 有扎實(shí)的藻類分類學(xué)功底，對生物顯微鏡要求不是太高。

   2）浮游動(dòng)物
    浮游動(dòng)物是體形細(xì)小，且缺乏或僅有微弱的游動(dòng)能力，主要以漂浮的方式生活在各類水體中的動(dòng)物的總稱。主要由原生動(dòng)物、輪蟲、枝角類、橈足類組成。許多浮游動(dòng)物對環(huán)境變化的反應(yīng)比較敏感，可作為水質(zhì)的指示生物，所以在水污染調(diào)查中，浮游動(dòng)物也常作為主要研究對象之一。在浮游動(dòng)物的檢測中，類似于浮游植物的檢測，是根據(jù)顯微鏡下生物的形態(tài)來確定其種類。在檢測過程中原生動(dòng)物和輪蟲可用普通生物顯微鏡觀察，而枝角類、橈足類，特別是海水樣品，經(jīng)常需要借助體視顯微鏡（解剖鏡）來觀察生物的某一部分特征。

   3）其他生物菌落的檢測
    如著生生物檢測和底棲動(dòng)物的部分種類鑒定中需要用生物顯微鏡進(jìn)行觀察。
特殊物質(zhì)檢測
   1）石棉塵的檢測
    環(huán)境監(jiān)測中檢測的石棉塵是指溫石棉（白石棉）、鐵石棉（褐石棉）及青石棉（藍(lán)石棉）等石棉塵中能被吸入并沉著肺泡內(nèi)的呼吸性石棉纖維。檢測中，用高倍鏡(40×)計(jì)數(shù)長度大于5um，寬度小于3um，長寬比大于3:1的石棉纖維。
   2）二噁英的檢測
    二噁英是一種是無色無味的脂溶性物質(zhì)，所以非常容易在生物體內(nèi)積累。它們能干擾機(jī)體的內(nèi)分泌，產(chǎn)生廣泛的健康影響。二噁英的測試方法很多，其中有一種利用離體大白鼠肝癌細(xì)胞的EROD誘導(dǎo)指示二惡英的復(fù)合毒性效應(yīng)的方法在環(huán)境監(jiān)測部門也有應(yīng)用。
    EROD（7-ethoxyresorufin-O-deethylase）的活性反應(yīng)是極具代表性的混合功能氧化酶的典型反應(yīng)。通常把肝臟EROD酶活力誘導(dǎo)作為測試混合功能氧化酶（mixed-function oxidases, MFOs）誘導(dǎo)物毒性效力的指標(biāo)。

    其中大鼠肝癌細(xì)胞在使用前需要鏡檢確定其復(fù)蘇情況以及使用量。這里一般使用倒置生物顯微鏡進(jìn)行觀察。一般選用相差物鏡，這種方法提供帶有自然背景色的、高對比度的、高清晰度的圖像，是觀察培養(yǎng)的活細(xì)胞的理想選擇。